Uus relv tuberkuloosi diagnoosimiseks ja ravimite resistentsuse tuvastamiseks: uue põlvkonna sihitud järjestamine (TNG) koos masinõppega tuberkuloosi ülitundlikkuse diagnoosimiseks
Kirjanduse aruanne: CCA: TNG -del ja masinõppel põhinev diagnostiline mudel, mis sobib vähem bakteriaalse tuberkuloosi ja tuberkuloosse meningiidiga inimestele.
Lõputöö pealkiri: Tuberkuloosse suunatud järgmise põlvkonna järjestamine ja masinõpe: ultratundlik diagnostiline strateegia pautsilistele kopsutubalidele ja torukujulisele meningiidile.
Perioodiline: 《Clinica Chimica Acta》
Kui ： 6.5
Avaldamise kuupäev: jaanuar 2024
Kombineerituna Hiina Teaduste Akadeemia ja Pekingi rindkerehaiglaga Capital Medical University, Macro & Micro-test lõi tuberkuloosi diagnoosimudeli, mis põhineb uue põlvkonna sihitud järjestamise (TNGS) tehnoloogia ja masinõppe meetodil, mis pakkus ultra-kõrget Avastustundlikkus tuberkuloosi suhtes väheste bakterite ja tuberkuloosse meningiidiga, andis uue ülitundlikkuse diagnoosimismeetodi kliiniliseks diagnoosimiseks kahte tüüpi tuberkuloosi ja aitasid tuberkuloosi täpset diagnoosimist, ravimite resistentsuse tuvastamist ja ravi. Samal ajal leitakse, et patsiendi plasma CFDNA -d saab kasutada sobiva proovi tüübina kliiniliseks proovivõtmiseks TBM -i diagnoosimisel.
Selles uuringus kasutati kahe kliinilise kohordi loomiseks 227 plasmaproovi ja tserebrospinaalvedeliku proovi, mille käigus kasutati tuberkuloosi diagnoosi masinõppe mudeli loomiseks laboratoorseid diagnostilisi kohordiproove ning kliinilisi diagnostilisi kohordiproove kasutati väljakujunenud kontrollimiseks Diagnostiline mudel. Kõik proovid suunati kõigepealt spetsiaalselt kujundatud sihtotstarbelise sondi bassein Mycobacterium tuberkuloosiks. Seejärel kasutatakse TB-TNG-de järjestamisandmete põhjal otsustuspuu mudelit laboratoorse diagnostilise järjekorra treenimis- ja valideerimiskomplektide 5-kordse ristvalideerimise läbiviimiseks ning saadakse plasmaproovide ja tserebrospinaalvedeliku proovide diagnostilised läved. Saadud lävi viiakse avastamiseks kahte kliinilise diagnoosimisjärjestuse testkomplekti ja õppija diagnostiline jõudlus hinnatakse ROC -kõvera abil. Lõpuks saadi tuberkuloosi diagnoosimudel.
Joonis 1 uurimistöö kavandamise skemaatiline diagramm
Tulemused: Vastavalt CSF DNA proovi (AUC = 0,974) ja plasma CFDNA proovi (AUC = 0,908) spetsiifiliste künniste järgi (selles uuringus määrati kindlaks, oli 227 proovi hulgas CSF -i proovi tundlikkus 97,01%, spetsiifilisus oli 95,65%ja 95,65%ja 95,65%ja spetsiifiline Plasmaproovi tundlikkus ja spetsiifilisus olid 82,61% ja 86,36%. TBM -ga patsientide 44 paarisproovi ja tserebrospinaalvedeliku DNA analüüsis on selle uuringu diagnostilise strateegia kõrge konsistents 90,91% (40/44) plasmas CfDNA ja tserebrospinaalvedelik DNA ning tundlikkus on 95,45% (42/44). Kopsu tuberkuloosiga lastel on selle uuringu diagnostiline strateegia plasmaproovide suhtes tundlikum kui samade patsientide maomahlaproovide Xperti tuvastamise tulemused (28,57% vs 15,38%).
Joonis 2 Tuberkuloosi diagnoosimismudelite analüüs populatsiooniproovide jaoks
Joonis 3 Paarproovide diagnostilised tulemused
Järeldus: selles uuringus loodi tuberkuloosi ülitundlik diagnostiline meetod, mis võib pakkuda diagnostilist vahendit, millel on kõrgeim avastamisalane tundlikkus oligobatsillaarse tuberkuloosiga kliiniliste patsientide jaoks (negatiivne kultuur). Plasma CFDNA -l põhineva ülitundliku tuberkuloosi tuvastamine võib olla sobiv proovi tüüp aktiivse tuberkuloosi ja tuberkuloosse meningiidi diagnoosimiseks (plasmaproove on lihtsam koguda kui aju tuberkuloosi kahtlustatavate patsientide tserebrospinaalvedelikku).
Algne link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? %3DiHubi kaudu
Makro- ja mikrokatsete tuberkuloosi seeria tuvastamise toodete lühike tutvustamine
Arvestades tuberkuloosihaigete keerulist valimi olukorda ja mitmesuguseid vajadusi, pakub makro- ja mikrokatseid NGS-i täielikke lahendusi rögaproovidest, Qualcommi raamatukogu ehitamise ja järjestamise ning andmete analüüsist vedeldamise ekstraheerimiseks. Produktid hõlmavad tuberkuloosihaigete kiiret diagnoosimist, tuberkuloosi ravimite resistentsuse tuvastamist, mükobakteriumi tuberkuloosi ja NTM-i kirjutamist, bakter-negatiivse tuberkuloosi ja tuberkuloossete inimeste ülitundlikkuse diagnoosimist jne.
Tuberkuloosi ja mükobakterite seeriatuvastuskomplektid:
| Üksus nr | tootenimi | toote testimise sisu | näidise tüüp | rakendatav mudel |
| HWTS-3012 | Näidisagent | Kasutatud rögaproovide vedeldamisel on saanud esimese klassi rekordi numbri, Sutong Machinery Equipment 20230047. | röga | |
| HWTS-NGS-P00021 | Kvalcommi koguse tuvastamise komplekt ülitundliku tuberkuloosi jaoks (sondi püüdmise meetod) | Mitteinvasiivne (vedela biopsia) ülitundlikkuse tuvastamine bakter-negatiivse kopsu tuberkuloosi ja aju sõlmede korral; Tuberkuloosi või mittetuberkuloosi mükobakteritega nakatunud inimeste proove analüüsiti suure sügava sekveneerimise metagenoomika abil ja avastamisandmeid, kas tuberkuloos või mittetuberkuloosi mükobaktid olid nakatunud ja peamine esimese rea ravimite resistentsuse teave mükobaaktiivsetest teave mükobaatsiooni kohta TuBreium TuBerosium TuBerium TuBerium TuBerium TuBreiUM- pakuti. | Perifeerne veri, alveolaarne loputusvedelik, hüdrotoraks ja astsiit, fookuse punktsiooniproov, tserebrospinaalvedelik. | Teine põlvkond |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tüpiseerimise ja ravimite resistentsuse tuvastamise komplekt (multipleksi amplifikatsiooni järjestamise meetod) | Mycobacterium tüpiseerimise test, sealhulgas MTBC ja 187 NTM；Mycobacterium tuberkuloosi ravimite resistentsuse tuvastamine hõlmab 13 ravimit ja 16 ravimiresistentsuse geenide südamiku mutatsiooni saiti. | Röga, alveolaarne loputusvedelik, hüdrotooraks ja astsiit, fookuse punktsiooniproov, tserebrospinaalvedelik. | Teise/kolmanda põlvkonna topeltplatvorm |
Tähtsündmused: HWTS-NGS-T001 MyCobacterium tüpiseerimine ja ravimite resistentsuse tuvastamise komplekt (multipleksi amplifitseerimise meetod)
Toote sissejuhatus
Toode põhineb peamistel esimestel ja teiserealistel ravimitel, mida on kirjeldatud WHO TB-ravi suunistes, makroliidides ja aminoglükosiidides, mida tavaliselt kasutatakse NTM-ravi suunistes, ning ravimresistentsuse kohad hõlmavad kõiki ühte rühma ravimiresistentsusega seotud paikades WHH Kõrge skooriga kirjandus kodu- ja välismaal.
Tüüpi tuvastamine põhineb NTM -i tüvedel, mis on kokku võetud NTM -i juhistes, mille on avanud Hiina Journal of Tuberculosis and hingamisteede haigused ning ekspertide konsensus. Projekteeritud trükivarustusega praimerid võivad võimendada, järjestada ja annoteerida enam kui 190 NTM -i liiki.
Sihtotstarbelise multipleksi PCR amplifikatsioonitehnoloogia kaudu amplifitseeriti mükobakteriumi genotüpiseerimise geene ja ravimresistentseid geene multiplekspcr ja saadi tuvastatavate sihtgeenide amplikonikombinatsiooni. Amplifitseeritud tooteid saab konstrueerida teise põlvkonna või kolmanda põlvkonna suure läbilaskevõimega sekveneerimiskogudeks ning kogu teise põlvkonna ja kolmanda põlvkonna järjestamisplatvormid saab allutada suure süvajärjestuse järjestamiseks, et saada sihtgeenide järjestuse teave. Võrreldes sisseehitatud referentsmebaasis sisalduvate teadaolevate mutatsioonidega (sealhulgas WHO Mycobacterium tuberculosis kompleksi mutatsioonikataloogis ja selle seoses ravimiresistentsusega) määrati mutatsioonid, mis on seotud ravimiresistentsuse või tuberkuloosivastaste ravimite vastuvõtlikkusega. Kombineerituna makro- ja mikrokatsete iseseisva rögaproovi ravislahusega, lahendati kliiniliste rögaproovide (kümme korda kõrgem kui traditsiooniliste meetoditega kõrgem) madala nukleiinhappe amplifikatsiooni efektiivsuse probleem, nii et ravimite resistentsuse sekveneerimise tuvastamine võib olla rakendatakse otse kliiniliste rögaproovide jaoks.
Toote tuvastamise vahemik
34ravimiresistentsusega seotud geenid18tuberkuloosivastased ravimid ja6Tuvastati NTM -i ravimid, mis hõlmasid297narkootikumide resistentsuse kohad; Kümme tüüpi mycobacterium tuberculosis ja rohkem kui190Tuvastati NTM -i tüüpi.
Tabel 1: 18+6 ravimi teave+190+NTM
Toote eelis
Tugev kliiniline kohanemisvõime: rögaproove saab otse tuvastada ise lique-faction ainega ilma kultuurita.
Katseoperatsioon on lihtne: võimendusoperatsiooni esimene voor on lihtne ja raamatukogu ehitamine on lõpule viidud 3 tunniga, mis parandab töö tõhusust.
Põhjalik tüpiseerimine ja ravimite resistentsus: MTB ja NTM -i tüpi- ja ravimiresistentsuse saitide katmine, mis on kliiniliste probleemide peamised punktid, täpsed tüpiseadised ja ravimite resistentsuse tuvastamise, sõltumatu analüüsi tarkvara toetamine ning analüüsiaruannete genereerimine ühe klõpsuga.
Ühilduvus: toote ühilduvus, kohanemine tavapäraste ILM- ja MGI/ONT platvormidega.
Toote spetsifikatsioon
| Tootekood | tootenimi | Avastamisplatvorm | spetsifikatsioonid |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tüpiseerimise ja ravimite resistentsuse tuvastamise komplekt (multipleksi amplifitseerimise meetod) | Ont 、 illumina 、 mgi 、 salus pro | 16/96RXN |
Postiaeg: 23. jaanuar-20124