Uus relv tuberkuloosi diagnoosimiseks ja ravimiresistentsuse tuvastamiseks: uue põlvkonna sihitud järjestus (tNGS) koos masinõppega tuberkuloosi ülitundlikkuse diagnoosimiseks
Kirjanduse aruanne: CCa: tNGS-il ja masinõppel põhinev diagnostiline mudel, mis sobib inimestele, kellel on vähem bakteriaalset tuberkuloosi ja tuberkuloosset meningiiti.
Lõputöö pealkiri: Tuberkuloosile suunatud järgmise põlvkonna sekveneerimine ja masinõpe: ülitundlik diagnostiline strateegia vaikse ookeani kopsutorukeste ja tubulaarse meningiidi jaoks.
Perioodiline väljaanne: 《Clinica Chimica Acta》
KUI: 6.5
Avaldamise kuupäev: jaanuar 2024
Koos Hiina Teaduste Akadeemia ülikooli ja Pekingi pealinna meditsiiniülikooli Pekingi rinnahaiglaga lõi Macro & Micro-Test tuberkuloosi diagnoosimise mudeli, mis põhineb uue põlvkonna sihitud sekveneerimise (tNGS) tehnoloogial ja masinõppemeetodil, mis võimaldas ülikõrgeid tulemusi. tuvastamise tundlikkus väheste bakteritega tuberkuloosi ja tuberkuloosse meningiidi suhtes, pakkus uut ülitundlikkuse diagnoosimise meetodit kahte tüüpi tuberkuloosi kliiniliseks diagnoosimiseks ning aitas tuberkuloosi täpsel diagnoosimisel, ravimiresistentsuse tuvastamisel ja ravil.Samas leitakse, et patsiendi plasma cfDNA-d saab kasutada sobiva proovitüübina TBM diagnoosimisel kliiniliseks proovivõtuks.
Selles uuringus kasutati 227 plasmaproovi ja tserebrospinaalvedeliku proovi, et moodustada kaks kliinilist kohorti, milles laboratoorseid diagnostilisi kohordi proove kasutati tuberkuloosi diagnoosimise masinõppemudeli koostamiseks ning kliinilise diagnostilise kohordi proove kasutati väljakujunenud diagnoosi kontrollimiseks. diagnostiline mudel.Kõik proovid olid esmalt suunatud Mycobacterium tuberculosis'e jaoks spetsiaalselt loodud püüdmissondide kogumile.Seejärel tehakse TB-tNGS sekveneerimisandmete põhjal otsustuspuu mudeli abil 5-kordne ristvalideerimine laboridiagnostika järjekorra treening- ja valideerimiskomplektidel ning saadakse plasmaproovide ja tserebrospinaalvedeliku proovide diagnostilised läved.Saadud lävi viiakse tuvastamiseks kahte kliinilise diagnoosi testikomplekti ja õppija diagnostilist sooritust hinnatakse ROC kõvera abil.Lõpuks saadi tuberkuloosi diagnoosimudel.
Joon. 1 skemaatiline diagramm uurimistöö kavandamisest
Tulemused: Vastavalt selles uuringus määratud CSF DNA proovi (AUC = 0,974) ja plasma cfDNA proovi (AUC = 0,908) spetsiifilistele lävedele oli 227 proovi hulgas CSF proovi tundlikkus 97,01%, spetsiifilisus 95,65% ja plasmaproovi tundlikkus ja spetsiifilisus olid 82,61% ja 86,36%.TBM patsientide plasma cfDNA ja tserebrospinaalvedeliku DNA 44 paarisproovi analüüsimisel on selle uuringu diagnostiline strateegia plasma cfDNA ja tserebrospinaalvedeliku DNA kõrge konsistentsiga 90,91% (40/44) ning tundlikkus on 95,45%. (42/44).Kopsutuberkuloosi põdevatel lastel on selle uuringu diagnostiline strateegia plasmaproovide suhtes tundlikum kui samade patsientide maomahla proovide Xperti tuvastamise tulemused (28,57% VS 15,38%).
Joonis 2 Populatsiooniproovide tuberkuloosi diagnoosimise mudeli analüüsi tulemuslikkus
Joonis 3 Paarisproovide diagnostilised tulemused
Järeldus: Selles uuringus loodi tuberkuloosi ülitundlik diagnostiline meetod, mis võib pakkuda oligobatsillaarse tuberkuloosiga (negatiivne kultuur) kliinilistele patsientidele kõrgeima avastamistundlikkusega diagnostilist vahendit.Plasma cfDNA põhjal ülitundliku tuberkuloosi tuvastamine võib olla sobiv proovitüüp aktiivse tuberkuloosi ja tuberkuloosse meningiidi diagnoosimisel (aju tuberkuloosi kahtlusega patsientidel on plasmaproove lihtsam koguda kui tserebrospinaalvedelikku).
Algne link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?%3Dihubi kaudu
Macro & Micro-Test tuberkuloosiseeria avastamistoodete lühitutvustus
Pidades silmas tuberkuloosihaigete keerulist prooviolukorda ja erinevaid vajadusi, pakub Macro & Micro-Test NGS-lahenduste täielikku komplekti rögaproovidest veeldamiseks, Qualcommi raamatukogu ehitamiseks ja sekveneerimiseks ning andmete analüüsiks.Tooted hõlmavad tuberkuloosihaigete kiirdiagnoosi, tuberkuloosi ravimiresistentsuse tuvastamist, mycobacterium tuberculosis ja NTM tüpiseerimist, bakternegatiivse tuberkuloosi ja tuberkuloosihaigete ülitundlikkusdiagnostikat jne.
Seeriakomplektid tuberkuloosi ja mükobakterite tuvastamiseks:
| Kauba nr | tootenimi | toote testimise sisu | proovi tüüp | kohaldatav mudel |
| HWTS-3012 | Näidisvabastusaine | Kasutatud rögaproovide vedeldamisel, on saanud esmaklassilise rekordnumbri Sutong Machinery Equipment 20230047. | röga | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcommi koguse tuvastamise komplekt ülitundliku tuberkuloosi jaoks (sondi püüdmise meetod) | Mitteinvasiivne (vedeliku biopsia) ülitundlikkuse tuvastamine bakterinegatiivse kopsutuberkuloosi ja ajusõlmede korral;Tuberkuloosi või mitte-tuberkuloosi mükobakteritega nakatumise kahtlusega inimeste proove analüüsiti põhjaliku sekveneerimise metagenoomika abil ning tuvastati teave selle kohta, kas tuberkuloosi või mitte-tuberkuloosi mükobakterid on nakatunud, ja peamine esmavaliku ravimiresistentsuse teave mycobacterium tuberculosis'e kohta. olid ette nähtud. | Perifeerne veri, alveoolide loputusvedelik, hüdrotooraks ja astsiit, fookuspunktsiooniproov, tserebrospinaalvedelik. | Teine põlvkond |
| HWTS-NGS-T001 | Mükobakterite tüpiseerimise ja ravimiresistentsuse tuvastamise komplekt (multipleksse amplifikatsiooni sekveneerimise meetod) | Mükobakterite tüpiseerimise test, sealhulgas MTBC ja 187 NTM；Mycobacterium tuberculosis'e ravimiresistentsuse tuvastamine hõlmab 13 ravimit ja 16 ravimiresistentsuse geenide tuummutatsioonikohta. | Röga, alveoolide loputusvedelik, hüdrotooraks ja astsiit, fookuspunktsiooniproov, tserebrospinaalvedelik. | Teise/kolmanda põlvkonna topeltplatvorm |
Tähtsündmused: HWTS-NGS-T001 mükobakterite tüpiseerimise ja ravimiresistentsuse tuvastamise komplekt (multipleksne võimendusmeetod)
Toote tutvustus
Toode põhineb WHO tuberkuloosi ravijuhistes kirjeldatud peamistel esimese ja teise valiku ravimitel, makroliididel ja aminoglükosiididel, mida tavaliselt kasutatakse NTM-i ravijuhistes, ning ravimiresistentsuse kohad hõlmavad kõiki ühte ravimiresistentsusega seotud saitide rühma. WHO Mycobacterium tuberculosis kompleksi mutatsioonide kataloog, samuti muud teatatud ravimiresistentsuse geenid ja mutatsioonikohad vastavalt kodu- ja välismaiste kõrgetasemeliste kirjanduste uurimisele ja statistikale.
Tüüpimise tuvastamine põhineb NTM-i tüvedel, mis on kokku võetud ajakirjas Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases avaldatud NTM-i juhistes ja ekspertide konsensusel.Kavandatud tüpiseerimispraimerid suudavad amplifitseerida, järjestada ja annoteerida rohkem kui 190 NTM liiki.
Sihtotstarbelise multipleksse PCR-i amplifikatsioonitehnoloogia abil amplifitseeriti Mycobacterium'i genotüpiseerimisgeene ja ravimiresistentseid geene multipleksse PCR-iga ning saadi tuvastatavate sihtgeenide amplikonkombinatsioon.Amplifitseeritud tooteid saab konstrueerida teise põlvkonna või kolmanda põlvkonna suure läbilaskevõimega sekveneerimisraamatukogudeks ning sihtgeenide järjestusteabe saamiseks võib kõiki teise ja kolmanda põlvkonna sekveneerimisplatvorme allutada põhjalikule sekveneerimisele.Võrreldes sisseehitatud võrdlusandmebaasis sisalduvate teadaolevate mutatsioonidega (sh WHO Mycobacterium tuberculosis kompleksi mutatsioonide kataloog ja selle seos ravimiresistentsusega) määrati kindlaks ravimiresistentsusega või tuberkuloosivastaste ravimite tundlikkusega seotud mutatsioonid.Koos Macro & Micro-Testi iseavatava rögaproovi ravilahusega lahendati kliiniliste rögaproovide madala nukleiinhappe amplifikatsiooni efektiivsuse probleem (kümme korda kõrgem kui traditsiooniliste meetoditega), nii et ravimiresistentsuse järjestuse tuvastamine on võimalik. otse kliinilistele rögaproovidele.
Toote tuvastamise vahemik
34ravimiresistentsusega seotud geenid18tuberkuloosivastased ravimid ja6Tuvastati NTM-ravimid, mis katavad297ravimiresistentsuse kohad;Kümme liiki Mycobacterium tuberculosis ja rohkem kui190tuvastati teatud tüüpi NTM-id.
Tabel 1: Teave 18+6 ravimite kohta +190+NTM
Toote eelis
Tugev kliiniline kohanemisvõime: rögaproove saab ilma kultuurita isevedeldava ainega otse tuvastada.
Eksperimentaalne toiming on lihtne: võimendusoperatsiooni esimene voor on lihtne ja raamatukogu ehitus valmib 3 tunniga, mis parandab töö efektiivsust.
Põhjalik tüpiseerimine ja ravimiresistentsus: hõlmab MTB ja NTM-i tüpiseerimis- ja ravimiresistentsuse saite, mis on kliinilise probleemi põhipunktid, täpne tüpiseerimine ja ravimiresistentsuse tuvastamine, sõltumatu analüüsitarkvara toetamine ja analüüsiaruannete koostamine ühe klõpsuga.
Ühilduvus: toodete ühilduvus, kohanemine tavapäraste ILM- ja MGI/ONT-platvormidega.
Toote spetsifikatsioon
| Toote kood | tootenimi | Tuvastamisplatvorm | spetsifikatsioonid |
| HWTS-NGS-T001 | Mükobakterite tüpiseerimise ja ravimiresistentsuse tuvastamise komplekt (multipleksne võimendusmeetod) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Postitusaeg: 23. jaanuar 2024