Hiljutises uuringus, mis avaldati ajakirjasMikrobioomviidi läbi viiruslik metagenoomiline analüüs 846 metsikul väikesel imetajal – sealhulgas nahkhiirtel, närilistel ja karihiirtel –, kes koguti Sierra Leones Lääne-Aafrikas. Uuringus tuvastati kokku 39 imetajatega seotud RNA-viirust, mis hõlmasid 26 uut ja 13 varem teadaolevat viirust. Nende hulgas oli Paramyxoviridae perekond kõige mitmekesisem, samas kui närilistel oli kõige rohkem viirusliike (n = 26).
Zoonoosse riski hindamine paljastas kolm teadaolevat zoonoosset viirust – entsefalomüokardiidi viirus, Lassa viirus ja Rocahepevirus sp. – ning kolm potentsiaalselt leviva viiruse: Meliani viirus, näriliste hepatiidi viirus ja Hunniviirus A. Märkimisväärne on see, et äsja tuvastatud viiruste seas näitas nahkhiire ledanteviirus 2 kõige lähimat fülogeneetilist sugulust inimesi nakatava Le Danteci viirusega. Seroloogiline analüüs tuvastas lisaks 2,8%-l kohalikest elanikest selle viiruse vastaseid neutraliseerivaid antikehi, mis viitab varasemale, tõenäoliselt avastamata, kokkupuutele inimestega.
Need leiud toovad esile olulise näriliste domineeritud viirusreservuaari olemasolu Lääne-Aafrikas ja rõhutavad integreeritud seirestrateegiate kriitilist tähtsust inimese ja looma kokkupuutepunktis. Metagenoomilise sõeluuringu kombineerimine seroloogilise valideerimisega loob tugeva raamistiku zoonootilise ja levikupotentsiaaliga viiruste tuvastamiseks.
Viimase kümnendi jooksul on enam kui 60% inimestel esinevatest nakkushaigustest pärinenud loomadelt, kusjuures nahkhiired, närilised ja karihiirlased on zoonoossete viiruste peamised peremeesorganismid. Aafrikat peetakse laialdaselt zoonoossete haiguste leviku keskuseks. Näiteks Sierra Leones teatati aastatel 2014–2016 Ebola puhangu ajal üle 28 000 juhtumi.
Vaatamata zoonoossete haiguste märkimisväärsele koormusele selles piirkonnas, on viiruste mitmekesisus ja levik metsikutel väikeimetajatel endiselt ebapiisavalt iseloomustatud. Selle lünga täitmiseks viisid teadlased läbi süstemaatilise viroomianalüüsi 846 metsiku väikeimetaja kohta, kes püüti kinni Sierra Leones kolmes kohas aastatel 2018–2023. Uuringu eesmärk oli iseloomustada viiruste mitmekesisust, tuvastada liikidevahelise ülekande potentsiaaliga kandidaate, hinnata zoonoosset riski ja koguda tõendeid tekkivate nakkushaiguste varajase hoiatamise süsteemide toetamiseks.
Põhimeetodid
Uuringus rakendati terviklikku viirusliku metagenoomika töövoogu:
- Proovi töötlemine:Südame-, maksa-, põrna-, kopsu- ja neerukuded koguti, ühendati, homogeniseeriti ja allutati täielikule RNA ekstraheerimisele.
- Järjestus ja kokkupanek:Ribosomaalse RNA eemaldamine viidi läbi enne raamatukogu loomist, millele järgnes suure läbilaskevõimega sekveneerimine, kasutades Illumina NovaSeq 6000 platvormi. Viiruse kontiigid pandi kokku de novo.
- Viiruse tuvastamine:Viirused identifitseeriti RNA-sõltuva RNA polümeraasi (RdRp) geeni joondamise põhjal. Säilitati ainult selgroogsetega seotud viirused, välja arvatud bakteriaalsed, seen- ja taimeviirused.
- Bioinformaatika analüüs:Viidi läbi fülogeneetiline rekonstruktsioon, rekombinatsioonianalüüs, liikidevahelise ülekandevõrgu modelleerimine ja zoonoosse riski hindamine.
- Seroloogiline valideerimine:Nahkhiire ledanteviiruse 2 jaoks töötati välja VSV-põhine pseudoviiruse neutralisatsioonitest. Neutraliseerivaid antikehi tuvastati 2,8% inimese seerumist, mis annab tõendeid võimaliku zoonootilise ülekande kohta.
UuringTulemused
1. Viiruste avastamine ja mitmekesisus
Selles uuringus viidi läbi transkriptoomne sekveneerimisanalüüs 846 Sierra Leones kogutud metsloomal, sealhulgas närilistel, nahkhiirtel ja karihiirtel. Täielike RNA-sõltuvate RNA polümeraasi (RdRp) geenijärjestuste põhjal identifitseeriti kokku 39 imetajatega seotud RNA-viirust, sealhulgas 13 varem tuntud viirust ja 26 uut viirust.
Viirusliku koostise poolest oli Paramyxoviridae sugukonnal kõigis kolmes peremeesorganismide seltsis suurim mitmekesisus, millele järgnesid Astroviridae ja Picornaviridae. Peremeesorganismide leviku osas olid suurima viirusliku mitmekesisusega närilised, kes kandsid kokku 26 viirusliiki, mis näitab nende silmapaistvat rolli viirusliku mitmekesisuse reservuaaridena piirkonnas.
2. Zoonoosne oht
Zoonoosse riski hindamisel tuvastati kolm teadaolevat zoonoosset viirust: entsefalomüokardiidi viirus, Lassa viirus ja Rocahepeviiruse liigid. Lisaks identifitseeriti kolm viirust – Meliaani viirus, näriliste hepatiidi viirus ja Hunniviirus A – potentsiaalselt leviva viirusena.
26 äsja avastatud viiruse hulgas ennustati fülogeneetiliste ja genoomsete omaduste põhjal neljal kõrget zoonoosset potentsiaali. Märkimisväärselt näitas nahkhiire ledanteviirus 2 kõige lähemat fülogeneetilist sugulust teadaoleva inimkonda nakatava Le Danteci viirusega.
Järgnev seroloogiline uuring toetas seda järeldust veelgi, kuna kohalike elanike seerumites tuvastati nahkhiire ledanteviiruse 2 vastaseid neutraliseerivaid antikehi 2. See tulemus viitab sellele, et inimpopulatsioonis võis juba esineda tuvastamata või asümptomaatilisi infektsioone, mis toob esile potentsiaalse, kuid varem avastamata zoonootilise ülekandetee.
3. Liikidevahelise ülekande dünaamika
Liikidevahelise ülekande analüüs näitas, et närilistel on viiruste jagamise võrgustikus keskne positsioon, toimides võtmesõlmedena, mis hõlbustavad viiruste vahetust peremeesliikide vahel. Kokku tuvastati 15 viirust, millel on potentsiaal liikidevaheliseks ülekandeks.
Seltsiväliste ülekannete mustrite edasine analüüs näitas, et viiruste jagamine toimus sagedamini sama taksonoomilise järgu peremeesorganismide vahel, mis viitab sellele, et peremeesorganismi sugulusel on oluline roll ülekandedünaamikas. Seevastu nahkhiirtel oli seltsidevaheliseks ülekandeks suhteliselt madalam võime.
Oluline on see, et teatud viiruste puhul täheldati peremeesorganismi levikuala laienemise märke. Näiteks Meliani viirus, mida varem peeti karihiirtele omaseks, tuvastati käesolevas uuringus ka närilistel, mis viitab võimalikule nihkele peremeesorganismi kohanemisvõimes ja laiema leviku suurenenud riskile.
Järeldused ja rahvatervise mõju
- Suur viroomide mitmekesisus metsikutel väikeimetajatel:39 RNA-viiruse, sealhulgas 26 uudse liigi avastamine näitab piirkonnas suurt viirusreservuaari ja annab esmakordselt teada uudsetest viirustest, millel on kõrge zoonoosne potentsiaal (nt nahkhiire ledanteviirus 2).
- Närilised kui prioriteetsed seiresihtmärgid:Närilised on viiruste leviku peamised keskused ja kannavad endas suurimat viiruslikku mitmekesisust, mis kujutab endast suurimat levikuohtu.
- Integreeritud seirestrateegiate vajadus:Tulemused toetavad näriliste prioriseerimist aktiivsetes seireprogrammides ja integreeritud lähenemisviiside rakendamist, mis ühendavad metagenoomikat, seroloogiat ja ökoloogilist seiret inimese ja metsloomade kokkupuutepunktides.
Üldiselt annab see uuring olulisi tõendeid tekkivate zoonoossete haiguste varajase hoiatamise süsteemide ja riskihindamise raamistike toetamiseks, rõhutades ennetava seire olulisust kõrge riskiga piirkondades.
Tooteinfo
Postituse aeg: 23. märts 2026