Hiljutine metagenoomiline uuring näitas Heilongjiangi provintsis näriliste poolt levitatavate viiruste ja bakterite märkimisväärselt mitmekesist spektrit, sealhulgas Lassa viirust, Amuuri viirust, Salmonellat ja Yersinia pestist.
Uuringus kasutatiPatogeenide RNA rikastamise komplekt firmalt Macro & Micro-Test, mis põhineb sondi püüdmise tehnoloogial. Peremeesorganismi rRNA ja teiste konserveerunud peremeesorganismi fragmentide selektiivse eemaldamise abil säilitas meetod tõhusalt mikroobse RNA, parandades oluliselt patogeenide tuvastamise tundlikkust. See patogeenide RNA rikastamise etapp oli kriitilise tähtsusega kõrge tuvastamismäära saavutamiseks ja pakkus tugevat tehnilist tuge patogeenide jälgimiseks.
Närilised: zoonoossete haiguste peamised reservuaarid
Närilised on liigirikkaim ja laialdasemalt levinud imetajate rühm, hõlmates üle maailma enam kui 2000 liigi ja moodustades üle 40% kõigist imetajate liikidest.
Lisaks ökoloogilisele tähtsusele on närilised paljude zoonoossete patogeenide peamised reservuaarid ja vektorid.Kuna näriliste elupaigad kattuvad sageli inimeste elukeskkonnaga – otseste hammustuste, väljaheidetega kokkupuute või kaudse leviku kaudu kirpude ja lestade kaudu –, kujutavad nende levitatavad patogeenid endast püsivat ohtu rahvatervisele.
Märkimisväärselt pärineb enam kui 70% tekkivatest nakkushaigustest metsloomadelt, kusjuures närilised on üks olulisemaid viirusreservuaare.
Heilongjiangi piiriala: patogeenide seire esirinnas
Heilongjiang, Kirde-Hiina piiriprovints, omab rikkalikke ökoloogilisi ressursse ja jagab piire mitme riigiga. Rikkalik bioloogiline mitmekesisus ja sagedane piiriülene rahvastiku liikumine loovad soodsad tingimused patogeenide levikuks.
2021. aasta juunist juulini kogusid teadlased Mudanjiangi linna Hengdaohezi linnast 67 metsnärilist. Proovid sisaldasid:
l 20Apodemuse poolsaar
l 47Myodes rufocanus
Kõik isendid püüti kinni elamurajoonides ja ümbritsevatel põllumaadel, mis rõhutab inimasustuse ja eluslooduse elupaikade tihedat seost.
Patogeenide rikastamise tehnoloogia: peremeesorganismi taustahäirete ületamine
Metagenoomilises sekveneerimises domineerib peremeesorganismi RNA tavaliselt sekveneerimise lugemistes, maskeerides madala arvukusega patogeeni signaale.
Selle väljakutse lahendamiseks kasutati uuringusMacro & Micro-Testi patogeeni metagenoomilise tuvastamise komplekt. Sondi püüdmise tehnoloogia abil seonduvad spetsiaalselt loodud sondid peremeesorganismi rRNA ja konserveerunud järjestustega, võimaldades nende ammendumist ja seeläbi mikroobse RNA rikastumist.
See lähenemisviis parandas oluliselt patogeenide tuvastamise tundlikkust, võimaldades järgneval sekveneerimisel taastada suurema osa patogeenide näitudest. Rikastamisetapp lõi kindla aluse näriliste poolt kantava patogeenide spektri täpseks iseloomustamiseks.
Pärast rikastamist läbisid RNA proovid pöördtranskriptsiooni, raamatukogu loomise ja suure läbilaskevõimega sekveneerimise. Bioinformaatiline analüüs hõlmas järgmist:
Peremeesorganismi genoomi filtreerimine
Taksonoomiline klassifikatsioon Kraken2 abil
l Arvukuse korrigeerimine sõnajalgade abil
See töövoog genereeris viiruslike ja bakteriaalsete koosluste põhjaliku profiili.
Uurimistulemused: Mitme viiruse ja bakteri samaaegne levik
Viiruslikud leiud
Tuvastatud viirused kuulusid 21 viirusperekonda, sealhulgasArenaviirusedjaHantaviirused.
Läbide novoMegahiti abil kokkupanekul genereeriti 154 viiruskontiiti, millest 110 joondusid 19 viirusega kaheksast perekonnast.
In Apodemuse poolsaar, tuvastati järgmised viirused:
l Arenaviirused: Lassa viirus, Wenzhou viirus, Gairo viirus
l Hantaviirused: Amuuri viirus, Puumala viirus
In Myodes rufocanus, Tuvastati roti arteriviirus ja Amuuri viirus.
Nende patogeenide hulgas:
Lassa viirus on viirusliku hemorraagilise palaviku põhjustaja, mille suremus ulatub ligikaudu 20%-ni.
Amuuri viirus on üks neerusündroomiga hemorraagilise palaviku (HFRS) eest vastutavatest patogeenidest. Hiinas on hantaviiruse infektsioonide osakaal maailmas suurim.
Bakteriaalsed leiud
Kokku märgiti 1051 bakterite perekonda.
Kõige arvukamad perekonnad olid:
lSalmonella(26–31%)
lYersinia(11–23%)
Salmonellaon peamine toidust leviv patogeen, mis põhjustab hinnanguliselt 9 miljonit tüüfuse juhtu ja umbes 110 000 surmajuhtumit igal aastal kogu maailmas.
Yersinia pestis, katku tekitaja, on vastutanud kolme ajaloolise pandeemia eest. Heilongjiangi provintsi peetakse üheks Hiina looduslikuks katkukoldeks ja see on endiselt katku seire prioriteetne piirkond.
Uuringu olulisus
Teaduslikud panused
See uuring on esimene aruanne Lassa viiruse fragmentide ja rotiarteriidi viiruse kohta Heilongjiangi närilistel, laiendades Hiina näriliste kaudu levivate patogeenide andmebaasi.
See iseloomustab süstemaatiliselt viirus- ja bakterikooslusi kohalikes näriliste populatsioonides, pakkudes lähteandmeid zoonoossete haiguste seireks piirialadel.
Rahvatervise mõjud
Tulemused rõhutavad vajadust pideva seire ja patogeenide sõeluuringute järele.A. poolsaarjaM. rufocanus.
Andmed pakuvad teaduslikke tõendeid, mis toetavad selliste haiguste nagu katk ja neerusündroomiga hemorraagiline palavik allikakontrolli strateegiaid.
Metodoloogilised tugevused
Metagenoomiline sekveneerimine võimaldab nii tuntud kui ka uute patogeenide erapooletut tuvastamist.
Selles uuringus näitas Macro & Micro-Testi patogeenide rikastamise tehnoloogia head jõudlust, parandades tõhusalt sihtpatogeenide tuvastamist keerukates bioloogilistes proovides. Tulemused kinnitavad selle võimet toetada ülitundlikku patogeenide tuvastamist metsloomade seirel.
Toote soovitus
Lähtudes selle edukast rakendamisest selles uuringus, on Macro & Micro-Test Pathogen RNA rikastamise komplekt metagenoomilise seire uuringuteks väga soovitatav.
Peremeesorganismi nukleiinhapete tõhusa vähendamise ja mikroobide järjestuste rikastamise abil parandab komplekt oluliselt tuvastustundlikkust ja andmete kvaliteeti. See on oluline vahend patogeenide täpseks avastamiseks keerukates proovides ning pakub tugevat tehnilist tuge rahvatervise seireks, zoonoosse riski hindamiseks ja puhanguteks valmisolekuks.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Postituse aeg: 02.03.2026